Emilie LERIGOLEUR Assistante Ingénieure CNRS Tel : 05 61 50 43 12 Courriel : emilie.lerigoleur@univ-tlse2.fr Adresse : Bureau C227B Maison de la Recherche de l'Université Jean Jaurès 5, Allées A. Machado - 31058 TOULOUSE Cedex 1

 

PRINCIPALES ACTIVITÉS

Participation aux programmes de recherche du laboratoire, plus particulièrement dans des domaines nécessitant des compétences en bases de données spatiales et systèmes d’information.

Ingénieure support de l’Observatoire Hommes-Milieux (OHM) Pyrénées Haut Vicdessos (Ariège, France) du Labex DRIIHM.

Ingénieure support de la Zone Atelier Pyrénées-Garonne (ZA PYGAR) récemment labellisée en novembre 2017.

Encadrement de stagiaires (L3, M1, M2) et enseignements en TD/TP sur les bases de données spatiales et en webmapping (cartographies interactives en ligne)

Elue par le collège des ITA au Conseil de Laboratoire de GEODE pour 2016-2020

OHM Pyrénées Haut Vicdessos : tableau de bord pour la gouvernance, catalogue de métadonnées, web SIG et photothèque
Afin de faciliter la gouvernance de l’OHM, mais aussi la gestion des projets de recherche, la thésaurisation et le stockage des données produites, plusieurs outils informatiques ont été développés :

• Une base de données a été créée dans le but de gérer plus de 175 projets annuels financés sur le territoire ainsi que les productions scientifiques et de vulgarisation associées. Elle constitue un véritable tableau de bord de suivi et de synthèse pour aider dans la gouvernance de l’observatoire. D’un point de vue technologique, le système de gestion de base de données choisi est PostgreSQL avec sa cartouche spatiale PostGIS afin de cartographier les équipes de recherche. L’interface web utilise les langages HTML, CSS et Javascript (ExtJS, JQuery, OpenLayers).
• Un catalogue des métadonnées (logiciel : GeoNetwork) a été mis en place pour centraliser et diffuser les fiches de métadonnées fournies par les partenaires membres de l’OHM. Ces métadonnées informent sur les données produites dans le cadre des projets financés ou cofinancés par l’OHM. Le catalogue est en évolution permanente. De nouvelles ressources sont régulièrement intégrées. Il interagit avec le catalogue du Labex DRIIHM et le géocatalogue national (moissonnages réguliers).
• Une interface cartographique a été développée en collaboration avec l’autre ingénieur support de l’OHM, Hugues Barcet. Ce web SIG (en accès restreint) est dédié à la consultation des sites d’études qui ont fait l’objet d’instrumentation, d’observation ou de rétro-observation. Tout le travail a consisté à traduire en plusieurs couches géographiques toutes les activités scientifiques réalisées sur le territoire. ArcGIS Desktop et ArcGIS Server ont été utilisés.
• Une photothèque (application open source : Piwigo) a été développée afin de permettre aux chercheurs travaillant sur les paysages d’accéder aux images anciennes et récentes recueillies sur les communes du haut Vicdessos et de valoriser le patrimoine historique et iconographique de la vallée. De plus, cette photothèque a été transformée en entrepôt de données selon le protocole OAI-PMH afin de permettre son interopérabilité avec les catalogues et moteurs de recherche tels qu’Isidore.
• Une base de données pour gérer les données issues de capteurs météorologiques et hydrologiques ainsi que les mesures biogéochimiques et hydrologiques pour deux tourbières pyrénéennes. Ce travail, en étroite collaboration avec T. Rosset, doctorant de l’UMR Ecolab soutenu par le LabEx DRIIHM, a consisté en la modélisation de la base de données sous PostgreSQL/PostGIS et à la mise en œuvre d’une application web pour faciliter l’import des données dans la base de données (http://calypso.univ-tlse2.fr/ohmpyr_hydro_tourb/#!/home). Cette application est en accès restreint pour les fonctionnalités d’import de données.

Projet ANR MONOIL
Dans cette étude transdisciplinaire sur les impacts des activités pétrolières en Equateur, une interface cartographique (en accès restreint) a été développée à l’aide de la solution LizMap (encadrement stage Master 1 GEP Toulouse 2015). De plus un travail de centralisation de l’information géographique disponible sur le territoire d’étude dans le nord-est équatorien a été réalisé.

Projet Cellule Brûlages Dirigés dans les Pyrénées Orientales
Dans le cadre d’un audit de la Cellule de brûlages dirigés du département 66 à la demande de la DDTM 66, une expertise-conseil de la gestion et de la diffusion des informations et données a été réalisée.

Projet PALEOPYR
Sur le versant nord-pyrénéen, de nombreuses données paléo-environnementales ont été acquises au cours des 30 dernières années. Une Base de Données PALEO-environnementales PYRénéennes (BD PALEOPYR) initiée en 2005 avait pour objectif de centraliser et d’archiver toutes ces données. Cependant, la structure de cette base était peu fonctionnelle et ne permettait pas la pleine exploitation des données. Durant 2013, un nouveau système d’information optimisé et sécurisé a été développé. Une interface cartographique publique permettant de consulter les métadonnées (http://paleopyr.univ-tlse2.fr/) ainsi qu’une interface en accès restreint pour visualiser l’évolution temporelle de la végétation nord-pyrénéenne ont été mises en ligne. Les technologies open source PostgreSQL/PostGIS pour construire la BD et GeoExt/OpenLayers/ExtJS pour développer les interfaces ont été privilégiées.

 

CONNAISSANCES & COMPETENCES

Mon cursus universitaire (Master 2 Professionnel « Gestion de la biodiversité », Paris VI) et mes 7 ans d’expérience à l’INRA de Bordeaux m’ont permis d’acquérir une double compétence en biologie (i.e. génétique des populations, écologie, aménagement du territoire) et informatique (i.e. création et gestion de bases de données via Microsoft Access® et MySQL). Pour accroître mes connaissances et compétences en SIG et informatique, j’ai suivi le Master 2 SIGMA (géomatique – Toulouse) en 2012-2013. On me confère souvent un rôle d’interface entre les informaticiens développeurs et les chercheurs utilisateurs des bases de données et autres systèmes d’information.

 

PUBLICATIONS RECENTES

 

1. Articles scientifiques et rapports
Au CNRS :

• Py-Saragaglia, V., Cunill Artigas R., Métailié J.-P., Ancel B., Baron S., Paradis-Grenouillet S., Lerigoleur E., Badache N., Barcet H., Galop D., Late Holocene history of woodland dynamics and wood use in an ancient mining area of the Pyrenees (Ariège, France), Quaternary International (2017), http://dx.doi.org/10.1016/j.quaint.2017.01.012
• Galop D., Lerigoleur E., 2015. Rapport d’évaluation de l’Observatoire Homme-Milieu Pyrénées Haut Vicdessos pour le Conseil Scientifique du Labex DRIIHM. 224 p.
• Lerigoleur E., Mazier F., Jégou L., Perret M., Galop D., 2015. PALEOPYR : un système d'information pour les données paléo-environnementales nord-pyrénéennes. Ingénierie des systèmes d'information 20:63-87. Janvier 2015. DOI: 10.3166/isi.20.3.63-87
• Lerigoleur E. 2013 – Base de données PALEOPYR pour les données PALEO-environnementales PYRénéennes : de la conception de la base à la production d’interfaces cartographiques. Rapport de stage Master 2 SIGMA, 65 p.
• Fantino G., Michel K., Maignan M., Lerigoleur E., 2013 - OGIIS : Etude de faisabilité d'un outil de gestion intégrée de l'information scientifique. Rapport final du projet OGIIS financé par le réseau des OHM dans le cadre de son appel à projets 2012, 74 p.
• Vidal F., Lerigoleur E., Jégou L., 2013 - Une photothèque en ligne pour reconstituer l’histoire des paysages contemporains. Ariège, terre de science, Regards croisés de chercheurs sur un territoire, n°19, coll. Le petit Ariège illustré, La Dépêche illustré, La Dépêche Ed., p. 29
• Vidal F., Lerigoleur E., Jégou L., 2014 - Images de géographes : Numérisation et nouvelles perspectives de recherche, Huma-Num, dossier thématique « les consortiums de la TGIR », en ligne

A l’INRA : (nom de jeune fille = Balsemin)

• Campoy J.A., Lerigoleur-Balsemin E., Christmann H., Beauvieux R., Girollet N., Quero-Garcia J., Dirlewanger E., Barreneche T., (sous presse), Genetic diversity, linkage disequilibrium, population structure and construction of a core collection of Prunus avium L. landraces and bred cultivars. BMC Plant Biology.
• Horvath A, Sanchez-Sevilla J.F, Punelli F, Richard L, Sesmero-Carrasco R, Leone A, Höfer M, Chartier P, Balsemin E, Barreneche T & Denoyes B (2011) Structured diversity in octoploid strawberry cultivars: importance of the old European germplasm. Annals of Applied Biology, ISSN 0003-4746
• Horvath A, Balsemin E, Barbot JC, Christmann H, Manzano G, Reynet P, Laigret F, Mariette S (2011) Phenotypic variability and genetic structure in plum (Prunus domestica L.), cherry plum (P. cerasifera Ehrh.) and sloe (P. spinosa L.) Scientia Horticulturae 129, 283-293
• Maggioni L, Lateur M, Balsemin E, Lipman E (2011) Report of a working group on Prunus Eighth meeting, 7-9 September 2010, Forlì, Italy, ISBN-13: 978-92-9043-879-3, 42 p.
• Mariette S, Balsemin E, Stoeckell S, Tavaud M, Le Bouler H, Santi F, Verger M (2006) Parental participation in progeny and effective population sizes in experimental seed orchards of wild cherry Prunus avium L. (Batsch). Annals of Forest Science, 64, p. 533-539.
• Tobutt K, Balsemin E, Lund B, Maggioni L, Lipman E (2006) Report of a Working Group on Prunus. 7th Meeting, 1-3 Décembre 2005, Larnaca, Cyprus

2. Communications dans des congrès et colloques
Au CNRS :

• Lerigoleur E., Heintz W., Ladet S., 2017. Bancarisation des données de la Zone Atelier Pyrénées Garonne : objectifs, chantiers 2017, actions futures. AG de la ZA PYGAR, 19/12/17, Toulouse
• Lerigoleur E., Heintz W., Ladet S., 2017. Résultats de l’enquête sur la gestion des échantillons dans le cadre de la Zone Atelier Pyrénées Garonne. Rencontre « gestion des échantillons »   ZA PYGAR, 06/06/17, Toulouse
• Lerigoleur E., Galop D., 2016. L'OHM Pyrénées Haut Vicdessos: sept ans d'observations et de rétro-observations dans les Pyrénées, atelier "observatoires" de la conférence SAGEO (GDR Magis), Décembre 2016, Nice
• Mazier F, Lerigoleur E, Perret M (2012) Tache 1 : Caractérisation des dynamiques « longues » des changements d’occupation du sol à l’échelle régionale. Réunion annuelle du projet ANR Mode ResPyr - 11 janvier 2012 (Communication orale)

A l’INRA : (nom de jeune fille = Balsemin)

• Balsemin E (2010) The ECPGR Prunus Database: Contribution of data to the EPDB, Progress of the EPDB, discussion on further improvement of the Database. Eighth Meeting of the ECPGR Prunus Working Group, 7-9 September 2010, Forlì, Italy (Communication orale)
• Balsemin E (2010) Update on the activities of the AEGIS sub-group on Prunus. Eighth Meeting of the ECPGR Prunus Working Group, 7-9 September 2010, Forlì, Italy (Communication orale)
• Balsemin E, Christmann H, Lambert F, Barreneche T (2006) Démarche Qualité appliquée au Centre de Ressources Génétiques Prunus Castanea Juglans. Colloque DGAP, Septembre 2006. Colloque BRG, Octobre 2006 (Poster)
• Balsemin E, Christmann H, Lambert F, Barreneche T, Laigret F (2005) Vers la constitution d’un Centre de Ressources Biologiques pour les Prunus. Colloque « Les 3èmes Rencontres du Végétal » de l’Institut National de l’Horticulture, 17-18 Novembre 2005. p.33-34 (Poster)
• Dirlewanger E, Cosson P, Le Dantec L, Capdeville G, Fouilhaux L, Tauzin Y, Renaud C, Christmann H, Zanetto A, Balsemin E, Bendahmane A, Laigret F, Caboche M, Moing A (2005) Fine mapping and cloning of genes controlling peach fruit quality traits. A starting project. ISHS Fruit Section, 6th International Peach Symposium, Santiago, Chili, 9-14 janvier 2005 (Poster)
• Balsemin E (2005) The European Prunus Database (EPDB) - Status in December 2005. 7th Meeting of a Working Group on Prunus, Larnaca, Chypre, 1-3 Décembre 2005: 107-109 (Communication orale)
• Balsemin E (2005) Status of the Prunus collection in France. 7th Meeting of a Working Group on Prunus, Larnaca, Chypre, 1-3 Décembre 2005: 49-50 (Communication orale)

3. Posters

• Probst JL.,  Ouin A., Beranger S., Blanchet S., Cucherousset J., Darrozes J., Deconchat M., Dejoux JF., Del Corso JP., Delire C., Delmas F., Duru M., Galop D., Gibert M., Hautefeuille F., Heintz W., Hewinson M., Jamoneau A., Lerigoleur E., Valette P., 2017. The project of Zone Atelier Pyrenees-Garonne (ZA PYGAR). 10.13140/RG.2.2.33049.52325
• Loireau M. Miralles A., Arnaud N., Betbedet ML., Damy S., Desconnets JC., Farguette M., Gourmelon F., Hermann B., Laurent A., Lazzaro X., Lerigoleur E., Libouret T., Martin A., Plumejeaud-Perreau C., Rouan M., 2017. Action Prospective « Observatoire Scinetifique Milieux/Sociétés », Colloque SAGEO Nov. 2017, Rouen
• Loireau M. Miralles A., Arnaud N., Betbedet ML., Damy S., Desconnets JC., Farguette M., Gourmelon F., Hermann B., Laurent A., Lazzaro X., Lerigoleur E., Libouret T., Martin A., Plumejeaud-Perreau C., Rouan M., 2017. Action Prospective « Observatoire Scinetifique Milieux/Sociétés » du GdR Magis, Colloque DataBFC Oct. 2017, Besançon
• Chapotat W., Houssou L., Saqalli M., Gaudou B., Lerigoleur E., Maestripieri N., Bouadjio-Boulic A., 2016. An agent-based model of the Amazonian forest colonisation and oil exploitation : The Oriente study case, 07/2016, Toulouse, Conference: iEMSs 2016, DOI: 10.13140/RG.2.2.27382.60486
• Durango J., Saqalli M., Maurice L., Lerigoleur E., Maestripieri N., Elger A., 2016, Heterogeneous Data Mining for a Semi-Quantitative Risk Assessment of Oil Contamination from Multiple-Sources in The Ecuadorian Amazon, 07/2016, Toulouse, Conference: iEMSs 2016, DOI: 10.13140/RG.2.2.14386.81609